蒙城县城区现有污水处理厂两座，其中蒙城县清流污水处理厂位于老城区东侧，建设规模3万吨/日，2005年开工建设，2007年8月建成运行，2011年完成除磷脱氮技术改造，主要收集处理老城区约10.2平方公里范围内的生活污水；蒙城县污水处理二厂位于城南经济开发区柳林路与庄子大道交叉口，一期工程2.5万吨/日规模于2012年4月开工建设，2013年8月建成运行并通过环保竣工验收，主体工艺采用卡鲁塞尔2000型氧化沟+絮凝沉淀活性砂过滤工艺，剩余污泥采用板框式压滤方式，主要收集处理鲲鹏路以南城南新区及道口工业园区范围内的生活污水和部分工业污水。

截止到2014年底，蒙城县城区污水管网总里程已达到200公里，管网已覆盖整个城市规划区，城市新区已全部实现雨污分流管网，老城区正在进行雨污分流管网改造。蒙城县老城区污水收集系统部分区域采用雨污合流管网，部分新修改造路段采用雨污分流制。

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